Desde la época neolítica hasta el presente, florecen importantes ciudades en los límites del Municipio de Alejandrópolis, y la región desarrolla una cultura única.

El lugar habitado por los antiguos Cicones, donde se encuentran todos los tipos comunes de monumentos megalíticos (acrópolis fortificadas, santuarios al aire libre para la adoración del sol y las estrellas, pinturas rupestres antropomorfas), fue posteriormente colonizado por colonos de Samotracia que fundaron la Pera Samotracia, con ciudades importantes como Mesembria, Zona y Salí.

La ciudad de Salí corresponde a la actual Alejandrópolis, y en la época romana la zona era un lugar de estacionamiento y cambio de caballos. La ciudad de la antigua Dorisco fue un nodo estratégico para los ejércitos de Darío, Jerjes, Filipo y Alejandro, conectando Asia con el resto de Grecia. Dorisco se menciona incluso en los primeros años del Imperio Romano. Se cree que el emperador romano Trajano, al saquearla, la destruyó para crear Traianópolis, la nueva ciudad dominante. La organización de la red de carreteras de la Vía Egnatia brinda la oportunidad de que florezcan importantes ciudades (Traianópolis, Vira, Makri) y complejos monásticos (Panagia Kosmosotira en Feres, templo de los Santos Teodores), protegidos por poderosas instalaciones militares (castillos de Potamos o Avanta), durante la época bizantina. La región juega un papel importante, ya que es vecina directa de Constantinopla.

Por razones que aún no se han aclarado, las ciudades de Salí, Zona, Drusa y Serreio fueron destruidas en algún momento, niveladas y borradas de los escritos de descripciones. El lugar se convirtió en un bosque interminable, principalmente de robles. Este bosque, al que los habitantes de las áreas circundantes llamaban Dede-Agach, era administrado por tres señores feudales turcos que tenían miles de acres para el cultivo y pastoreo.

Después de la Guerra Ruso-Turca, los pescadores de Ainos, Makri y Maronia formaron un pequeño asentamiento, el futuro Alejandrópolis, que creció gradualmente y se desarrolló rápidamente con la construcción del ferrocarril. El asentamiento comenzó en la década de 1850, y en las décadas siguientes, con la llegada de los rusos, se diseñó un plan urbano para el área costera, desde la avenida principal hasta el mar.

Durante las Guerras Balcánicas, Dedeagach pasó de manos de los otomanos a los búlgaros, pero después del Tratado de Neuilly y una administración interaliada temporal, el área se incorporó a Grecia el 14 de mayo de 1920. Después de la catástrofe de Asia Menor y el intercambio de poblaciones, muchos refugiados de Tracia septentrional (Tracia oriental), Tracia oriental y Asia Menor buscaron refugio en la región. Durante la Segunda Guerra Mundial, Alejandrópolis estuvo bajo ocupación búlgara durante 3 años (1941-1944). El final de la guerra marcó el comienzo del desarrollo económico, demográfico y cultural de la ciudad.

Hoy en día, Alejandrópolis experimenta un rápido desarrollo económico con la Egnatia Odos, el aeropuerto, el puerto y la estación de tren como impulsores, y ofrece una alta calidad de vida con equilibrio ambiental y actividad cultural intensa. En 2011, según el programa "Kallikratis", se fusionaron los antiguos municipios de Alejandrópolis, Traianópolis y Feres para crear el nuevo Municipio de Alejandrópolis, con una extensión de 1.217 kilómetros cuadrados, con sede en Alejandrópolis y sede histórica en Feres.