Από τα Νεολιθικά χρόνια μέχρι σήμερα στα όρια του Δήμου Αλεξανδρούπολης ακμάζουν σπουδαίες πόλεις και η περιοχή αναπτύσσει έναν μοναδικό πολιτισμό.
Ο τόπος που κατοικούν οι Αρχαίοι Κίκονες και όπου απαντώνται όλοι οι συνηθισμένοι τύποι μεγαλιθικών μνημείων, (οχυρές ακροπόλεις, υπαίθρια ιερά για τη λατρεία του ήλιου και των άστρων, ανθρωπόμορφες βραχογραφίες) κατοικείται στη συνέχεια από αποίκους της Σαμοθράκης που ιδρύουν τη Σαμοθρακική Περαία, με σημαντικές πόλεις όπως η Μεσημβρία, η Ζώνη, η Σαλή.
Η πόλη Σάλη ταυτίζεται με τη σημερινή Αλεξανδρούπολη και στα ρωμαϊκά χρόνια η περιοχή, αποτελεί χώρο στάθμευσης και αλλαγής αλόγων. Η πόλη του αρχαίου Δορίσκου υπήρξε στρατηγικός κόμβος για τις στρατιές του Δαρείου, του Ξέρξη, του Φιλίππου και του Αλεξάνδρου, ενώνοντας την Ασία με την υπόλοιπη Ελλάδα. Ο Δορίσκος αναφέρεται μέχρι και τα πρώτα χρόνια της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας. Εικάζεται ότι ο Ρωμαίος Αυτοκράτορας Τραϊανός, λεηλατώντας, τον κατέστρεψε για να δημιουργήσει την Τραϊανούπολη, τη νέα πόλη που κυριαρχεί. Η οργάνωση του οδικού δικτύου της Εγνατίας οδού δίνει την ευκαιρία για να ανθίσουν κατά το Βυζάντιο σημαντικές πόλεις (Τραϊανούπολη, Βήρα, Μάκρη) και μοναστικά συγκροτήματα (Παναγιά Κοσμοσώτειρα στις Φέρες, σπηλαιώδης ναός των Αγίων Θεοδώρων), που προστατεύονται από ισχυρές στρατιωτικές εγκαταστάσεις (κάστρα Πόταμου ή Άβαντα). Η περιοχή παίζει πρωτεύοντα ρόλο, καθώς αποτελεί την άμεση γειτονιά της Κωνσταντινούπολης.
Για λόγους που δεν έχουν εξακριβωθεί ακόμα, οι πόλεις Σάλη, Ζώνη, Δρυς και Σέρρειο καταστράφηκαν σε κάποια περίοδο, ισοπεδώθηκαν και έσβησαν από τα γραπτά κείμενα των περιγραφών. Ο τόπος έγινε ένα απέραντο δάσος, κυρίως από βελανιδιές. Το δάσος αυτό, που οι κάτοικοι από τα γύρω μέρη, το έλεγαν Δεδέ-Αγάτς, το διαφέντευαν τρεις Τούρκοι τσιφλικάδες, που είχαν χιλιάδες στρέμματα για καλλιέργεια και βοσκοτόπια.
Μετά το Ρωσοτουρκικό πόλεμο οι ψαράδες από την Αίνο, την Μάκρη και τη Μαρώνεια σχηματίζουν ένα μικρό οικισμό – τη μετέπειτα Αλεξανδρούπολη – που μεγαλώνει σιγά σιγά και αναπτύσσεται ραγδαία με την ίδρυση του σιδηρόδρομου. Η αρχή του οικισμού είναι στη δεκαετία του 1850, και στις επόμενες δεκαετίες, με την έλευση των Ρώσων διαμορφώνεται ένα σχέδιο πόλης για την παραλιακή περιοχή, από την κεντρική λεωφόρο ως την θάλασσα.
Κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών πολέμων το Δεδέαγατς περνάει από τα χέρια των Οθωμανών στους Βούλγαρους, ωστόσο μετά τη συνθήκη του Νεϊγύ και μια προσωρινή Διασυμμαχική Διοίκηση η περιοχή ενσωματώνεται στην Ελλάδα, την 14η Μαΐου 1920. Μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή και την Ανταλλαγή πληθυσμών καταφεύγουν στην περιοχή πολλοί πρόσφυγες από τη Βόρεια Θράκη (Ανατολική Ρωμυλία), την Ανατολική Θράκη και τη Μικρά Ασία. Κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου η Αλεξανδρούπολη παραμενει για 3 χρόνια υπό βουλγαρική κατοχή (1941- 1944). Το τέλος του πολέμου σηματοδοτεί την αρχή της αναπτυξης της πόλης οικονομικά, δημογραφικά και πολιτισμικά.
Η Αλεξανδρούπολη ακολουθεί πλέον ταχείς ρυθμούς οικονομικής ανάπτυξης με μοχλούς την Εγνατία Οδό, το αεροδρόμιο, το λιμάνι και το σιδηροδρομικό σταθμό, και προσφέρει σήμερα υψηλή ποιότητα ζωής με περιβαλλοντική ισορροπία και έντονη πολιτιστική δραστηριότητα.
Το 2011 και σύμφωνα με το Πρόγραμμα Καλλικράτης, συνενώθηκαν οι πρώην Δήμοι Αλεξανδρούπολης, Τραϊανούπολης και Φερών και δημιούργησαν τον νέο Δήμο Αλεξανδρούπολης με έκταση 1.217 τ.χλμ, έδρα την Αλεξανδρούπολη και ιστορική έδρα τις Φερες.